Consta de nueve Consejeros elegidos anualmente por la Asamblea General. Es responsable de la dirección y seguimiento del cumplimiento de las actividades y de la ejecución del presupuesto por la Secretaría Ejecutiva; y de delinear las directivas estratégicas institucionales del CIAT.
Conformación
Está integrado por un Presidente y ocho Consejeros. Es Presidente el representante del país miembro en que se realice la Asamblea o, realizándose en un país no americano, el representante del país americano que designe la Asamblea General. En caso de ausencia temporal o alejamiento definitivo del Presidente del Consejo, su sustituto deberá ser escogido entre los representantes de países miembros que integren el Consejo. Serán Consejeros natos el Presidente saliente o quien lo reemplace en su condición de representante de su país y el representante del país miembro organizador de la próxima Asamblea. Los restantes seis (6) Consejeros serán elegidos por cada Asamblea para un mandato de dos años, pudiendo solamente uno de ellos ser representante de un país miembro no americano. Su renovación se hará anualmente por mitades.
2026 – 2027
Presidente 
República Dominicana
Pedro Porfirio Urrutia
Director General
Consejeros:
Belice – Michelle Longsworth
Director General
Brasil – Adriana Gomes Rêgo
Secretaria Especial Adjunta – RFB
Canadá – Tammy Branch
Subcomisionada de la División de Apelaciones – CRA
Chile – Jorge Trujillo
Director
Curaçao – Jamila Isenia
Jefa de la Inspectoría de Impuestos
Colombia – Andrés Felipe Velásquez
Director General – DIAN
Países Bajos – Claudia Toet
Directora – MF del Reino de los Países Bajos
Panamá – Camilo A. Valdés
Director – DGI
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